分子动力学研究V82A和L90M变异对HIV PR-IDV复合物的影响

摘要：

为了说明V82A和L90M变异对蛋白酶(PR)和茚地那韦(IDV)复合物的影响,进行了5.5 ns的MD模拟.用MM-PBSA方法计算了体系的结合自由能,计算和实验结果一致.分解自由能为不同能量项说明,这两个变异引起熵的贡献变化大于焓的贡献变化.分解自由能到每个残基说明Wild,V82A和L90M具有相似的结合模式,结合能的贡献主要来源于A28/A28',I50/I50'和I84/I84'这六个残基组,详细分析了Wild和IDV的结合模式,对比分析了V82A和L90M变异引起结合模式的细小变化.V82A变异引起结合模式的变化是由于变异后位阻减小导致的.L90M变异引起D25和L90间的作用增强并引起结合模式的细小变化.研究结果有助于更好地理解变异对抑制剂和HIV-1 PR结合模式的影响,并可以用来帮助设计更高效的PR抑制剂.

关键词：HIV-1蛋白酶、变异、分子动力学模拟

所属期刊栏目：68

分类号：O6(化学)

资助基金：国家自然科学基金10874104;山东省自然科学基金Z2007A05;山东省优秀中青年科学家科研奖励基金2008BS01013

在线出版日期：2010-06-30（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页码：603-610