分子动力学模拟研究质子化态在HIV-1 Protease-Indinavir复合物中的作用

摘要：

I型人体免疫缺陷病毒(HIV-1)蛋白酶中Asp25/Asp25'的质子化对于理论研究HIV-1蛋白酶和抑制剂的作用机制以及氨基酸变异对抗药性的影响有重要意义.分别对Protease-Indinavir(PR-IDV)复合物的六种可能的质子化态进行了5 ns的分子动力学模拟,分析了不同状态对动力学特征和结构的影响,用molecular mechanics/Possion-Boltzman surface area(MM-PBSA)方法计算了PR和IDV在各种状态下的结合自由能.计算结果说明A链Asp25的OD2的质子化是最为可能的状态.对PR-IDV复合物中起到媒介作用的水分子与PR-IDV复合物形成的氢键进行了分析,分析结果说明不同的质子化态对水分子在PR-IDV复合物中所起的媒介作用没有影响,这一结果与我们先前对PR-BEA369复合物的研究不同.我们的研究结果为更高效的PR抑制剂的设计以及PR氨基酸变异对药物抗药性的研究提供了理论上的指导.

关键词：分子动力学、MM-PBSA、结合自由能、HIV-1蛋白酶、质子化态

所属期刊栏目：67

分类号：O6(化学)

资助基金：国家自然科学基金10874104;山东省自然科学基金Z2007A05

在线出版日期：2010-03-26（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共7页

页码：2791-2797