HIV-1整合酶与芳香二酮酸类抑制剂相互作用的分子模拟研究

摘要：

用分子对接方法研究了一系列芳香二酮酸类抑制剂与HIV-1整合酶的识别及相互作用.结果表明,抑制剂结合到整合酶Asp64～Leu68,Thr115～Phe121,Gln148～Lys159和Mg2+所构成的口袋区,抑制机理与5CITEP相似.采用分子动力学模拟和MM/PBSA方法计算了芳香二酮酸类抑制剂与整合酶之间的结合自由能,计算结果与实验值相吻合,平均绝对偏差为3.6 kJ/mol,体系范德华相互作用和溶剂化效应的非极性项是利于形成复合物的主要因素.相关性分析结果表明,结合自由能值与疏水相互作用有较强的线性相关(R=0.61),基于此,用多元线性回归方法给出了一个能较强预测芳香二酮酸类抑制剂与HIV-1整合酶的结合自由能预测模型,为后续基于抑制剂结构的抗HIV-1药物分子设计提供指导.

关键词：芳香二酮酸、整合酶、结合自由能、相关性、分子设计

所属期刊栏目：67

分类号：O6(化学)

资助基金：四川省自然科学基金2008JY0119;四川省教育厅资助项目08ZB054;乐山师范学院博士启动基金Z0859

在线出版日期：2009-12-04（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共7页

页码：2177-2183