β-环糊精和甾类化合物的分子动力学模拟

摘要：

运用分子动力学(molecular dynamics,MD)和MM-PBSA(molecular mechanics/Poisson Boltzmann surface area)相结合的方法预测了β-环糊精(cyclodextrin,CD)和甾类客体分子包结模式.通过重原子均方根偏差(root mean square deviation,RMSD)分析可得,两种包结模式下客体分子都可以和β-CD形成稳定的包结.在MD轨迹采样基础上,采用高效MM-PBSA方法计算了两种包结模式下的包结自由能.计算结果显示,β-CD和三个甾类客体分子包结的主要驱动力为范德华相互作用,而溶剂化能和熵变则不利于体系的包结.进一步分析平均构象和包结自由能发现,对于波尼松龙,D-up(D-ring up orientation)取向为优势包结模式;而乙炔雌二醇和雌三醇的优势包结模式均为A-up(A-ring up orientation)取向.通过比较β-CD和三个客体分子的理论包结自由能,预测包结稳定性的次序为乙炔雌二醇＞雌三醇＞波尼松龙,和实验结果相一致.

关键词：MM-PBSA、分子动力学、β-环糊精、甾类化合物

所属期刊栏目：67

分类号：O6(化学)

资助基金：南京农业大学青年科技创新基金KJ07033

在线出版日期：2009-07-30（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共7页

页码：1318-1324