FKBP12蛋白与其抑制剂结合的分子动力学模拟和结合自由能计算

摘要：

FKBP12(FK506-binding protein-12)是一种具有神经保护和促神经再生作用的蛋白.采用分子动力学模拟取样,运用MM-GBSA方法计算了FKBP12和3个抑制剂(GPI-1046,308和107)的绝对结合自由能,GPI-1046的结合能最小,308小于107的结合能.通过能量分解的方法考察了FKBP12蛋白的主要残基与抑制剂之间的相互作用和识别,计算结果表明:3个抑制剂具有相似的结合模式,Ile56和Tyr82主要表现为氢键作用,Tyr26,Phe46,Val55,Ile56,Trp59,Tyr82,Tyr87和Phe99形成疏水作用区.计算结果和实验结果吻合.

关键词：分子动力学、MM-GBSA、结合自由能、FKBP12、抑制剂

所属期刊栏目：67

分类号：O6(化学)

资助基金：国家自然科学基金10474060;10504017;山东省自然科学基金Q2006A06

在线出版日期：2009-06-16（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共7页

页码：1019-1025