DNA小沟结合药物DB818的分子动力学模拟和结合自由能分析

摘要：

采用分子动力学模拟了DNA小沟结合芳香二脒药物DB818形成的复合物.通过5 ns的模拟研究表明:DB818药物分子可紧密结合在DNA的AATTC小沟区域,和双螺旋d[CGCGAATTCGCG]2形成稳定的复合物.由于噻吩硫原子的弱电负性,使DB818能够以更大的伸展程度与DNA的小沟结合,形成更强的结合力.DB818苯并咪唑的氮原子能够与DNA 7位和19位T碱基上的氧原子形成两个稳定的氢键,同时,DB818末端氨基氮原子分别与DNA的20位T碱基的氧原子和9位C碱基的氧原子形成两个氢键.另外,运用MM PBSA方法计算了DB293-DNA和DB818-DNA复合物的结合自由能,计算结合能与实验值能较好的吻合,通过比较其结合自由能,从热力学能量角度说明了DB818有较大的熵值与较小的焓值贡献.从而与DNA小沟结合的结合力比DB293强.本文在分子水平上提供了DB818直接与双螺旋DNA相互作用的结构及复合物的动态变化情况,为设计出更高生物活性的DNA小沟结合剂提供一定的理论依据.

关键词：小沟结合、DB818、DNA、动力学模拟、结合自由能计算

所属期刊栏目：67

分类号：O6(化学)

资助基金：广东省自然科学基金07300160

在线出版日期：2009-05-08（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共6页

页码：453-458