基于定量序效模型的计算机辅助虚拟疫苗库设计

摘要：

给出了基于定量序效模型(QSAM)的计算机辅助虚拟疫苗库设计方案,并以此为基础成功组建了一个合理规模的HLA-A*0201限制性CTL表位库,其实现流程如下:(1)从天然氨基酸516种理化性质经主成分分析(PCA)得到一种新的氨基酸描述子:氨基酸综合性质得分(SP-score);(2)基于SP-score结合遗传-偏最小二乘(GA-PLS)技术建立QSAM模型;(3)利用QSAM模型作为评价工具采用遗传算法(GA)优化CTL表位种群;(4)统计优秀种群中20种氨基酸分别在抗原肽序列不同位置出现频率f;(5)保留f＞F(F为平均出现概率,对于任意氨基酸为1/20)的氨基酸作为该位置的有利残基类型参与虚拟组合库的构建.

关键词：定量序效模型、虚拟疫苗库、HLA-A*0201分子、CTL表位、遗传算法

所属期刊栏目：64

分类号：O6(化学)

资助基金：国家重点实验室基金05-12-1;重庆大学校科研和教改项目04-10-10;第三军医大学校科研和教改项目05-5-28

在线出版日期：2006-11-23（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共6页

页码：2065-2070