基于氨基酸模糊聚类分析的跨膜区域预测

摘要：

跨膜蛋白在进化过程中,序列保守性较差,即使是同源蛋白序列的一致性程度也较低,因而在跨膜区预测算法中,通过序列的一致性程度来选取训练集并不能有效地消除预测结果对训练集的过度适应性.本文提出了一种基于氨基酸模糊聚类分析的预测算法,通过氨基酸在各个区域分布的相似性程度进行模糊聚类,从而根据一类氨基酸的分布特性而不是各个氨基酸的分布特性进行跨膜区预测.结果表明,该方法能在一定程度上消除训练集的选取对测试结果的影响,提高跨膜蛋白拓扑结构预测的准确度,特别是提高对目前知之甚少的跨膜蛋白的预测准确度.

关键词：氨基酸、跨膜蛋白、模糊聚类、跨膜区预测

所属期刊栏目：62

分类号：TP3;TD7

资助基金：国家高技术研究发展计划863计划2001AA23 11;上海市自然科学基金03ZR14065

在线出版日期：2004-11-04（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共5页

页码：1968-1972