HIV-1整合酶与抑制剂金精三羧酸复合物的分子动力学模拟

摘要：

用分子对接程序(Autodock)将含有一个Mg2+的HIV-1整合酶核心区(以下简称IN-A)与抑制剂小分子金精三羧酸(简称Aurin)进行对接,预测其未知的复合物结构,然后用分子动力学(MD)方法对IN-A与Aurin的对接结果进行了950 ps的模拟.MD模拟结果发现,IN-A与Aurin形成了两个稳定的氢键,Mg2+也与Aurin上的氧原子形成了稳定的配键,IN-A与Aurin之间的静电相互作用能和范德华相互作用能的平均值分别为-205.8和-162.7 kJ/mol.根据MD模拟得到的IN-A与Aurin相互作用后的构象变化信息,我们对对接复合物结构进行了修正,给出了更加合理和稳定的复合物预测结构.本工作得到的HIV-1整合酶与抑制剂Aurin的结合模式信息将有助于设计和改造出效果更好的抗HIV-1整合酶的先导化合物.

关键词：HIV-1整合酶、金精三羧酸、分子对接、分子动力学

所属期刊栏目：62

分类号：O6(化学)

资助基金：北京市自然科学基金5032002,5042003;国家自然科学基金30170230,10174005

在线出版日期：2004-08-06（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共5页

页码：745-749