EGFR和4-苯胺喹唑啉类抑制剂之间相互作用模式的研究

摘要：

采用分子动力学和MM/PBSA相结合的方法预测了表皮生长因子受体和4-苯胺喹唑啉类抑制剂的相互作用模式.在分子动力学采样的基础上,采用MM/PBSA的方法分别预测了四种可能结合模式下表皮生长因子受体和4-苯胺喹唑啉类抑制剂间的结合自由能.在MM/PBSA计算中,受体和抑制剂之间的非键相互作用能采用分子力学(MM)的方法得到;溶剂效应中极性部分对自由能的贡献通过解Possion-Boltzmanne(PB)方程的方法得到;溶液效应中非极性部分对自由能的贡献则通过分子表面积计算(SA)的方法得到.计算表明,在四种结合模式下,表皮生长因子受体和4-苯胺喹唑啉类抑制剂之间的结合自由能有较大的差别.在最佳的相互作用模式中,抑制剂的苯胺部分位于活性口袋的底部,能够与受体残基的非极性侧链产生很强的范德华和疏水相互作用.抑制剂喹唑啉环上的N(1)原子能够和Met-769上的NH形成稳定的氢键,而抑制剂上的N(3)原子则和周围的一个水分子形成氢键.同时,抑制剂双环上的取代基团也能和活性口袋外部的部分残基形成一定的范德华和疏水相互作用.最佳结合模式能够很好地解释已有抑制剂结构和活性间的关系.

关键词：MM/PBSA、分子动力学、结合自由能、EGFR

所属期刊栏目：60

分类号：O6(化学)

资助基金：国家自然科学基金29g73003,29992590-2

在线出版日期：2004-08-06（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共6页

页码：1023-1028