距离约束分子动力学计算低聚核苷酸d(GGTATACC)2溶液中三维结构

摘要：

8聚核苷酸d(GGTATACC)2溶液中的三维结构通过简单的高温和低温动力学计算以及能量优化的方法获得.计算中以标准B型双螺旋DNA为初始结构,加上螺旋间的20个氢键约束和由核磁共振NOESY谱获得的186个NOE约束,另外还加入二面角约束32个.计算所得的6个低能(-302±5kJ/mol)优势构象的均方根偏差(rmsd值)均小于0.06 nm,平均均方根偏差为0.043inm,从优化结构反算所得的NOE谱与实验数据相吻合.计算结果表明,所加各约束项合理,优化结构具有较高的可信度.

关键词：d(GGTATACC)2、距离约束分子动力学、NOE约束、立体结构、核磁共振

所属期刊栏目：56

分类号：O6(化学)

资助基金：国家自然科学基金39270208

在线出版日期：2005-07-28（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共8页

页码：799-806