DNA与二脒DB293复合物的分子动力学模拟
采用分子动力学模拟了DNA小沟与芳香二脒化合物DB293结合形成的复合物,通过5ns的模拟研究表明,DB293分子可紧密结合在DNA的AATT小沟区域,和双螺旋d[CGCGAATTCGCG]2形成稳定的复合物.DB293中苯并咪唑环的氮原子N2能够与DNA胸腺嘧啶碱基T7的O2原子和T19的O2原子形成两个较强的氢键,同时,其末端氨基的N3原子和T20的O2原子形成一个较弱的氢键.这些结果在分子水平上提供了DB293直接与双螺旋DNA相互作用的结构及复合物的动态变化情况,为设计出更高活性的芳香二脒类DNA小沟结合剂提供一定的理论依据.
DNA、DB293、动力学模拟
2013-01-29(万方平台首次上网日期,不代表论文的发表时间)
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