湘西呆鲤线粒体全基因组测序及结构特征分析

摘要：

为了揭示湘西呆鲤的进化地位,通过二代基因测序技术获得湘西呆鲤(Cyprinus carpio var.Xiangxi)线粒体基因组全序列,对线粒体基因进行了注释,对其序列结构进行了分析,并分别以线粒体全长基因组序列和D-loop区序列对湘西呆鲤在内的16种鲤鱼的同源性进行了分析,采用NJ(Neighbor-joining)法构建16种鲤鱼D-loop区的系统进化树.结果表明:湘西呆鲤线粒体基因组全长16581 bp,编码13个蛋白质,还包含22个tRNA、2个rRNA和1个D-Loop区;碱基组成存在明显的AT偏向和弱AT负偏斜现象;其tRNA均能形成典型的三叶草结构,其中"环"结构长度为7～16 bp,"茎"结构长度为3～7 bp;基于线粒体全长基因组的同源性分析发现16种鲤鱼之间的同源性在89.4％～99.8％之间,而基于D-loop区的同源性在87.3％～98.8％之间,二者存在一定差异;系统进化树结果显示,湘西呆鲤与Labeo catla均独立于各簇,湘西呆鲤与锦鲤和三倍体鲤一簇更为邻近.

关键词：湘西呆鲤、线粒体基因组、序列分析、同源性、进化树

分类号：Q781(基因工程（遗传工程）)

资助基金：安徽省农科院院创新团队项目;湖南省水产产业技术体系;湖南省教育厅科学研究项目

在线出版日期：2021-07-15（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共6页

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