巴哈雀稗幼苗叶片转录组分析

摘要：

利用Illumina HiSeq 2000高通量测序技术对巴哈雀稗叶片进行转录组测序,共计获得42844132个序列读取片段,包含碱基序列信息6426619800个.对读取片段进行序列组装,得到99235个单基因簇.围绕GC含量、测序质量、长度分布的单基因簇评估测序数据均显示质量好、可信度较高.与Nr数据进行序列同源性比对结果显示,有53886个单基因簇与其他植物的已知基因具有不同程度的同源性.结合GO数据库对巴哈雀稗的单基因簇进行功能分类,大致可分成为细胞组分、分子功能和生物学过程3大类共计70个分支,其中大量的单基因簇主要与细胞进程、结合活性及细胞成分有关.将单基因簇与COG数据库进行比对分析,依据其功能可大致分为25类.以KEGG数据库为参考,依据代谢途径将单基因簇定位到31个代谢途径分支上,具体包含核糖体代谢途径、碳代谢途径、氨基酸生物合成途径、内质网蛋白加工、剪接体和甜菜红色素生物合成等.通过SSR位点查找在巴哈雀稗99235个单基因簇中共找到12062个SSR位点.其SSR不同重复基序类型中,A/T出现频率最高,其次是AT/GA和AG/CT.

关键词：巴哈雀稗、转录组、基因注释、SSR

分类号：Q789(基因工程（遗传工程）)

资助基金：贵州省自然科学基金重点项目黔科合基础〔2018〕1419;贵州省科技支撑项目黔科合支撑〔2017〕2586;贵州省星火计划项目黔科合成转字〔2015〕5324-2号;贵州省科技创新人才团队建设项目黔科合平台人才〔2016〕5617;贵州省优秀青年科技人才培养专项黔科合人字〔2015〕02号;贵州省科技计划项目黔科合平台人才〔2018〕5768-15

在线出版日期：2019-12-09（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共7页

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