基于全基因组序列和E距离信息的CoxA16病毒亲缘关系分析

摘要：

柯萨奇病毒A组16型（Coxsackie virus A16，CoxA16）病毒是引起手足口病（Hand，foot and mouth disease，HFMD）的主要病原体。为了解不同地区CoxA16病毒株的系统进化关系，收集了NCBI数据库中注释有具体地区分布的23条CoxA16全基因组序列，分别采用Kimura 2-parameter法和E距离法对病毒株进行亲缘关系分析。结果表明，基于E距离的系统进化树最大程度地吻合了Kimura 2-parameter遗传距离法构建的系统进化树，且E距离法普适性较强，颇具应用潜力，为更精确地判断病毒株之间的进化关系提供了一条新途径。

关键词：CoxA16病毒、全基因组、Kimura 2-parameter遗传距离、E距离、进化树

分类号：Q939.4(微生物学)

资助基金：国家自然科学基金青年项目31301388；湖南省自然科学基金14JJ3092；湖南省科学技术厅科技计划项目2014GK3046；湖南农业大学大学生创新性实验计划项目71；中国博士后面上项目2014M562109

在线出版日期：2014-10-17（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共4页

页码：13-15,17