利用16S rRNA基因克隆文库技术分析德昌水牛瘤胃产甲烷菌的多样性

摘要：

选取3头5岁左右的健康雌性德昌水牛作为试验动物,采用机械破壁法提取瘤胃内容物总DNA,用产甲烷菌特异性引物Met86F/Met1340R扩增16S rRNA基因,构建16S rRNA基因克隆文库,分析德昌水牛瘤胃产甲烷菌区系组成.结果表明:试验共获得99个16S rRNA基因序列,RDP分析表明94.2％的序列为甲烷短杆菌属(Methanobrevibacter) 16S rRNA序列,按照97％的相似性划分为19个分类操作单元,其中96个序列(17个OTUs)占总序列的97.0％,与已知细菌的16S rRNA序列的相似性≥97％;3个序列(2个OTUs)占总序列的3.0％,与已知细菌16S rRNA序列的相似性为90％～97％;系统发育树分析表明,SGMT簇序列和RO簇序列所占总序列的比例分别为75.8％、1.0％,部分序列与Methanobrevibacter中任何已知相似序列都相隔较远,它们可能代表Methanobrevibacter中新的种.以上结果表明,德昌水牛瘤胃产甲烷菌以Methanobrevibacter产甲烷菌为优势菌群,其中有许多未培养的产甲烷菌需进一步分离培养,并对其功能进行分析.

关键词：德昌水牛、瘤胃、产甲烷菌、16S rRNA、多样性

所属期刊栏目：40

分类号：S823.8+3;S852.6(家畜)

资助基金：广西自然科学基金青年基金项目2012GXNSFBA053070;广西水产畜牧兽医局科技计划项目桂渔牧科1304516;广西特聘专家岗位专项2014GXTPZJ018;农业部“948”项目2011-G26

在线出版日期：2014-09-01（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页码：382-388