南方和北方根结线虫分泌蛋白组预测与比较分析

摘要：

通过SignalP 3.0、TargetP 1.1、KohGPI、TMHMM 2.0等系列软件对南方和北方根结线虫分泌蛋白组进行预测.结果表明,南方和北方根结线虫预测分泌蛋白数为2622和1696个,分别占总基因数的13.65%和12.95%.经BlastP(E＜1e-10)分析,分别有754个和466个能在KOG(eukaryotic orthologous groups)库中找到相似蛋白,其功能主要包括能量代谢与转运、信号传导、转录活性调控等.基因本体(Go)分析结果表明,南方和北方根结线虫的预测分泌蛋白数目在核定位信号和转录活性调控上存在显著差异.用MEME/MAST搜索并分析根结线虫分泌信号肽保守的模体(Motif),得到54个南、北方根结线虫分泌信号肽共有的模体.

关键词：根结线虫、分泌蛋白、模体

所属期刊栏目：37

分类号：S432.4+5(病虫害及其防治)

资助基金：国家自然科学基金;湖南农业大学稳定人才基金

在线出版日期：2011-12-14（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共5页

页码：376-380