牡丹EST资源的SSR信息分析

摘要：

首先对NCBI数据库下载获得的2204条牡丹EST序列进行比对,去冗余后得到1658条牡丹EST序列,然后利用MISA软件对这些序列进行筛查,结果在其中901条EST序列中发掘出1111个SSR,出现频率为67.00%,平均每1 004bp出现1个SSR.在牡丹EST-SSR中,单核苷酸重复是最主要的重复类型(89.38%),其次是二核苷酸重复(6.67%)和三核苷酸重复(3.78%),四核苷酸重复和六核苷酸重复分布极少,没有五核苷酸重复.A/T是优势重复基元,占微卫星总数的87.76%.牡丹EST-SSR基元类型的重复次数主要集中在6～30次,其基元长度主要集中在26～31bp.

关键词：牡丹、表达序列标签、简单重复序列、频率、特征

所属期刊栏目：37

分类号：S685.11(观赏园艺（花卉和观赏树木）)

资助基金：国家自然科学基金;河南省高等学校科技创新人才支持计划;科技攻关计划重点项目;河南省高等学校青年骨干教师资助计划

在线出版日期：2011-08-05（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共5页

页码：172-176