采用偏最小二乘法的基因-药物共模块识别

摘要：

首先,将药物二维化学结构转化为数值序列,计算药物之间的皮尔逊相关系数,进而构建药物关联网络;然后,在带有基因网络约束的稀疏偏最小二乘算法的基础上,加入药物关联网络信息,提出伴有基因和药物关联网络正则约束的稀疏偏最小二乘(SGDPLS)算法;最后,将SGDPLS算法应用于基因-药物共模块识别.结果表明:药物关联网络信息的加入能够有效提高所识别的共模块中基因模块与药物模块的相关性,增加共模块的生物可解释性.

关键词：偏最小二乘算法、药物关联网络、基因模块、药物模块、基因-药物共模块

所属期刊栏目：41

分类号：Q332(人工选择与自然选择)

资助基金：国家自然科学基金资助项目61807029

在线出版日期：2020-03-29（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共5页

页码：121-125