采用伪氨基酸组成预测水解酶亚家族

摘要：

利用伪氨基酸组成提取蛋白序列特征值,考察参数λ和w对识别效果的影响,以k-近邻作为基础分类器,用于预测水解酶的亚家族类型.结果表明,伪氨基酸组成特征提取法与单纯的20个氨基酸组成特征方法相比,其识别精度有较大程度提高.20AA组成的平均预测精度为72.3%,而伪氨基酸组成特征提取的识别效果可达82.7%.在参数影响考察方面,自相关性函数个数的选取对识别效果影响较大,而权重因子w对识别效果影响则很小.

关键词：水解酶亚家族、特征值、伪氨基酸、k-近邻

所属期刊栏目：31

分类号：Q556.03(酶)

资助基金：国家自然科学基金资助项目30770059;教育部博士点科研基金资助项目20070685001

在线出版日期：2010-06-21（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共5页

页码：317-321