11种植物psbA基因的密码子偏好性及聚类分析

摘要：

植物叶绿体psbA基因的启动子是叶绿体基因工程中常用的启动子,研究该基因的编码特点对完善叶绿体基因工程的研究设计、提高外源基因在受体物种中高效、稳定的表达具有重要作用。本研究综合运用了多种分析软件,对11种植物的叶绿体psbA基因进行了分析。结果表明,11种植物psbA基因的ENC（Effective Number of Codons）值都小于40,显示出了明显的密码子偏好性,即在碱基组成上偏爱以C结尾的密码子。RSCU（Relative Synonymous Codon Usage）值表明共有20个密码子在编码使用上具有偏好性,其中有8个表现出较强的偏好性;另有12个密码子在psbA中出现率极低或没有出现。在聚类分析中,基于密码子偏好性参数RSCU的聚类不能正确反映物种间的进化关系,而基于基因序列的聚类更适合作为系统发育分析的参考。

关键词：psbA基因、密码子偏好性、聚类分析

所属期刊栏目：25

分类号：Q943(植物学)

资助基金：农业部转基因生物新品种培育科技重大专项2009ZX08002-002B和2009ZX08002-014B

在线出版日期：2012-04-21（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页码：927-932