偏头痛皮质扩散性抑制的差异表达基因生物信息分析和治疗药物预测

摘要：

目的 对家族性偏瘫性偏头痛1型(FHM1)小鼠诱发皮质扩散性抑制(CSD)后皮质转录本中发现的差异表达基因(DEGs)进行生物信息学分析和治疗药物预测.方法 利用R软件中的Deseq2包从基因芯片公共数据库(GEO)发表的FHM1小鼠诱发CSD后皮质转录本中筛选出DEGs和基因本体论(GO)功能富集分析,并利用clusterProfiler包进行信号通路功能富集分析(GSEA)以及STRING 11.0、CMap等分析平台构建蛋白质相互作用网络和化合物预测,同时利用Cytoscape中的CytoHubba插件筛选出核心DEGs并对其进行功能注释.结果 FHM1型小鼠CSD发作后共筛选出155个上调基因和35个下调基因.DEGs主要富集于细胞通讯、小分子GTP酶介导的信号转导、轴突的发育以及细胞内转运的调节等生物学过程和一些免疫炎症反应相关通路以及microRNA、细胞因子信号通路上,并筛选出芹菜素、1,4-屈烯醌、非诺特罗等可逆转DEGs的小分子化合物.结论 FHM1型小鼠CSD发作后与健康对照组小鼠相比DEGs存在明显差异.多个信号通路、多个蛋白质相互作用方式为了解偏头痛CSD发作后皮质的病理过程提供了帮助.

关键词：家族性偏瘫性偏头痛1型、差异表达基因、生物信息学、富集分析、药物预测

所属期刊栏目：25

分类号：R747.2(神经病学与精神病学)

资助基金：国家自然科学基金81971055

在线出版日期：2022-06-20（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共7页

页码：276-282