基于综合生物信息学对睾丸生殖细胞肿瘤预后相关枢纽基因的筛选及验证

摘要：

目的:应用生物信息学方法筛选睾丸生殖细胞肿瘤(TGCT)预后相关的枢纽基因,为TGCT的预后评估和药物治疗提供新的生物标志物.方法:从GEO数据库下载GSE3218、GSE1818数据集,通过R语言limma程序包和韦恩图筛选差异表达基因(DEGs);利用DAVID数据库对DEGs进行GO、KEGG富集分析;通过STRING数据库和Cytoscape软件构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,筛选出前10个枢纽基因,使用miRTarBase数据库预测枢纽基因可能的上游miRNA;使用UALCAN筛选出预后相关的枢纽基因,并分别通过GEPIA和HPA数据库验证其基因表达水平和蛋白质表达水平;分别采用TIMER和DGIdb数据库对预后相关枢纽基因进行免疫浸润分析和药物-基因相互作用分析;从TCGA数据库中整合TGCT患者的临床数据和预后相关枢纽基因的表达水平,通过R语言rms程序包构建列线图.结果:共鉴定出10个枢纽基因(FN1、CDH1、MMP9、CCL2、CCNB2、PRM2、TNP1、CXCR4、CDK4、CDKN3),预测出12个miRNA为枢纽基因的潜在上游miRNA;发现MMP9和CCL2的高表达与较低的总生存率、免疫细胞浸润有关,其与多种药物相互作用密切.结论:MMP9和CCL2可能是潜在的TGCT预后生物标志物和药物的基因靶点.

关键词：睾丸生殖细胞肿瘤、生物信息学、生物标志物、差异表达基因、枢纽基因、预后

所属期刊栏目：19

分类号：R737.11;R-058;R318

在线出版日期：2022-07-25（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共6页

页码：196-201