拟南芥核苷二磷酸激酶基因家族的生物信息学比较与分析

摘要：

为研究拟南芥核苷二磷酸激酶家族(AtNDPKs)5个成员之间的差异,对其在蛋白质结构、磷酸化位点、信号肽序列、功能区方面的差异进行了生物信息学的比较分析,并建立了系统进化树.结果显示,5个成员在等电点、吸光值和亲水性方面的差异明显.二级结构中,AtNDPK2的α螺旋比例与其他成员差异显著；在β转角和无规则卷曲方面,AtNDPK1a与AtNDPK3a表现出相反的情况.5个成员各含有1个NDK结构域,但分布位置不同.AtNDPK3a中酪氨酸磷酸化明显增多,AtNDPK1a的磷酸化位点与其他成员差异显著.AtNDPK1和AtNDPK2的信号肽裂解点位于第16和17位氨基酸之间,AtNDPK3和AtNDPK3a的位于第42和43位之间,而AtNDPK1a的位于第24和25位之间.AtNDPK1a的进化地位高于其他成员,AtNDPK3与AtNDPK3a的亲缘关系最近,而AtNDPK1与其他成员的亲缘关系较远.

关键词：拟南芥、生物信息学、核苷二磷酸激酶家族、序列分析、系统分析

所属期刊栏目：41

分类号：Q71(生物大分子的结构和功能)

资助基金：山东省自然科学基金项目ZR2010CM036

在线出版日期：2012-09-21（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共7页

页码：38-44