非序列比对软件SeqDistK在微生物菌群分类中的应用

摘要：

用非序列比对方法研究微生物菌群的分类是目前生物信息学中的一个热门领域.文中开发了一种基于k-mer统计的非序列比对软件SeqDistK.SeqDistK可通过开源网站https://github.com/htczero/SeqDistK获得,具有在微生物菌群分类中运算速度快、准确度高的优点,而且具有适应大型数据研究的潜力.利用SeqDistK对63条已知分类的16SrRNA基因序列所算出的距离矩阵进行菌群聚类,发现所得聚类结果与已有的分类基本一致.SeqDistK能准确地对微生物菌群样本序列进行聚类,可作为一个有效的从分子生物学角度分析系统发育学的软件.

关键词：k-mer、非序列比对、SeqDistK、16S rRNA、聚类

所属期刊栏目：47

分类号：Q71(生物大分子的结构和功能)

资助基金：国家自然科学基金资助项目11722546,11675226

在线出版日期：2020-04-29（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共7页

页码：71-77