基于D2shepp统计法的非序列局部比对

摘要：

两条生物序列间的相似性比对是计算生物学探讨的主要问题之一,一种快速的依赖于k-元组的D2shepp统计法目前已被应用到非序列比对中.文中在零模型的基础上产生两条相互独立的随机序列,基于D2shepp统计法进行了两条序列的局部比对,找到局部比对的最优值并求和.在此基础上模拟了Power值的分布情况,并分析了不同k参数下的Power值分布.在相同参数下将文中提出的局部比对与已有的D2shepp统计的全局比对进行比较,发现局部比对D2shepp统计的Power值随着序列长度的增大而快速地接近于1,比全局比对更加快速、准确.

关键词：非序列比对、D2shepp统计法、局部比对、Power值

所属期刊栏目：40

分类号：Q71(生物大分子的结构和功能)

资助基金：国家自然科学基金资助项目10947023,61176061;华南理工大学中央高校基本科研业务费专项资金资助项目20112M0088

在线出版日期：2012-11-27（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共4页

页码：106-109