10.3969/j.issn.1004-3918.2013.07.011
同类提取法结合序列向前法预测大鼠肝再生的关键基因
从生物高通量检测数据中挖掘关键基因/蛋白是生物信息学的重要研究内容.用大鼠基因组表达谱芯片Rat Genome 2302.0检测大鼠肝再生中肝细胞的基因表达丰度和计算它们与对照的比值(ratio值),用F检验发现, Ccne1、Eg f、Met等8419个基因与大鼠肝再生相关.用过滤法从中筛选出3202个差异基因,用同类提取法从差异基因筛选出1000个特征基因.取前100个特征基因作为初选基因,进一步用序列向前法计算发现,Ccnd1、Grin2a、Spsb4等7个基因满足肝再生候选关键基因的条件.再用同类提取法分析发现,上述7个基因中,Ccnd1和Agtr1的关联度≥100,且文献报道与肝再生相关,当属关键基因.用机器学习法检验关键基因的正确性发现,同类提取法结合序列向前法预测的关键基因正确率达97%以上.因此,用该方法预测关键基因切实可行,值得推广应用.
大鼠肝再生、基因表达丰度、序列向前法、同类提取法、关键基因
Q332(人工选择与自然选择)
国家973项目前期研究专项基金资助项目2010CB534905
2013-09-11(万方平台首次上网日期,不代表论文的发表时间)
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