红球菌酰胺酶降解阴离子型聚丙烯酰胺的亲和力分析

摘要：

为探究酰胺酶降解阴离子型聚丙烯酰胺(HPAM)的微观机理,采用分子对接分别模拟了阴离子型聚丙烯酰胺(HPAM)或聚丙烯酸酯(PAA)结构模型与Rhodococcussp.N-771酰胺酶(Rh Amidase)的结合,根据-CDOCKER_Energy score值最高的原则,对获得最佳结合构象进行分析.基于亲和力虚拟突变进行丙氨酸(ALA)扫描.亲和力分析表明,Rh Amidase对HPAM-2的亲和力最高、最稳定,而Rh Amidase于PAA-2相互作用最小、结合最好.同时,该酶更倾向于降解短链的聚合物.相互作用分析表明,疏水相互作用是Rh Amidase-HPAM-2比Rh Amidase-PAA-2更稳定的主要原因.通过ALA扫描进一步得知,PHE146、ILE450、LYS96和GLY193是Rh Amidase降解HPAM-2的关键氨基酸残基.其中GLY193与HPAM-2形成的1个氢键对Rh Amidase-HPAM-2的亲和力影响最大.突变体ASP191ALA可以提高Rh Amidase对HPAM-2的酶活性,这些数据可为设计更高活性的Rh Amidase突变体提供理论指导.

关键词：酰胺酶、阴离子型聚丙烯酰胺(HPAM)、分子对接、丙氨酸(ALA)扫描

所属期刊栏目：42

分类号：Q939.106;O6;X503.2

资助基金：国家自然科学基金51274012

在线出版日期：2023-04-25（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共8页

页码：319-326