基于AlphaFold2和分子动力学模拟预测抗体可变区结构

摘要：

开发了基于AlphaFold2和分子动力学模拟预测抗体可变区结构的设计流程.使用Al-phaFold2分别建模抗体轻链和重链可变区结构,通过序列比对选出方向模板,从而确定轻链与重链之间的位置,最后借助分子动力学模拟对结构进行优化.选取蛋白质结构数据库中最新发布的30个抗体作为测试,建模结果与真实结构之间的平均RMSD可达到0.077 nm,TMscore可达0.93.结果表明该流程可以准确地预测抗体可变区结构.

关键词：抗体结构预测、AlphaFold2、抗体VL-VH方向、分子动力学模拟

所属期刊栏目：32

分类号：TP399(计算技术、计算机技术)

资助基金：连云港市博士后科研资助计划项目LYG20210010

在线出版日期：2023-06-09（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共7页

页码：37-43