白花前胡转录组简单重复序列位点分析

摘要：

目的:根据白花前胡转录组数据中简单重复序列(simple sequence repea,SSR)的位点信息,统计分析后进行引物设计,为开发新的SSR标记做准备.方法:利用Microsatellite (MISA)软件对前胡转录组数据70 752条Unigenes的SSR位点信息进行分析,使用Primer 3软件设计引物,并进行筛选.结果:在白花前胡转录组中共检测到12 267个SSR位点(出现频率为17.34％),分布在10 674条Unigenes中,平均3.78 kb就出现1个SSR位点;在白花前胡转录组SSR中,从单核苷酸至六核苷酸重复类型均有出现,其中二核苷酸重复基元是主要重复类型,占SSR总数的61.57％,其次是单核苷酸重复(16.82％)和三核苷酸重复(15.73％),其余仅占0.73％,并且不同重复类型之间的平均距离差异较大;在93种重复基元中,单核苷酸、二核苷酸、三核苷酸、四核苷酸、五核苷酸、六核苷酸重复基元分别为2、6、30、40、8、7种,其中单核苷酸重复基元A/T、二核苷酸重复基元AT/TA和三核苷酸重复基元CTT/GAA是优势重复基元,分别占SSR总数的16.59％、38.21％和1.14％,其余类型核苷酸重复基元较多,数量较少;通过设计共得到10 254对引物,按照SSR序列长度大于20bp的标准筛选得到其中841对SSR引物.结论:白花前胡转录组中SSR位点出现频率高,重复类型多样,特别是以单、二、三核苷酸重复为主SSR在多态性潜能方面有较高的应用价值,可以有针对性的进行引物设计并加以应用.

关键词：白花前胡、简单重复序列信息分析、中药

所属期刊栏目：32

分类号：R284.2(中药学)

资助基金：2013年度国家级大学生创新创业训练计划项目201310471027

在线出版日期：2017-12-08（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共5页

页码：1954-1958