平衡态与非平衡态分子溶剂化自由能的计算效率比较

摘要：

着眼于13个中性氨基酸侧链类似物在水中的溶剂化自由能的计算,来比较两种计算自由能的平衡态动力学模拟和非平衡态动力学模拟方法在高性能计算机上的表现.研究发现,利用非平衡态动力学模拟来计算自由能除了在准确度上和平衡态动力学模拟的计算一致之外,在计算效率和实际所需时间上,非平衡方法计算效率更高,实际所需时间更少.

关键词：溶剂化自由能、氨基酸侧链类似物、平衡态动力学模拟、非平衡态动力学模拟

分类号：O469(真空电子学（电子物理学）)

资助基金：国家自然科学基金21773066

在线出版日期：2019-04-09（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共10页

页码：83-92