脆蛇转录组序列的分析和系统发育定位

摘要：

脆蛇是一种类似于蛇但是又具有蜥蜴的特征的爬行动物,这些矛盾的特性与脆蛇的系统发育分类学有密切的关系.脆蛇在传统中药中也有很多治疗作用.基于这些方面,本研究利用高通量测序方法对脆蛇胃肠道的转录组序列进行检测,组装和注释.最终获得4.6 Gbp高质量的数据,组装获得58 959个单一的基因,其中35 708(60.56％)个单一基因与数据库的基因相匹配.为了确定脆蛇与蛇和蜥蜴的同源进化关系,对同源基因家族和系统进化树进行了分析,结果显示脆蛇的转录组序列更接近于蛇而不是蜥蜴.除此之外还鉴定了10 613 cSSR标签,其中1 644个标签根据严格的标准能够用至少一个引物获得.本研究第一次揭示了脆蛇胃肠道的转录组序列,确定其在系统发育学上的定位.这些序列和标签为脆蛇的研究提供了重要的资源.

关键词：脆蛇、Ophisaurus harti、系统发育、转录组、cSSR

分类号：Q111(生物演化与发展)

资助基金：上海市浦江人才计划08PJ1404100;中国国家重点基础研究计划973项目2010CB12300

在线出版日期：2014-09-29（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共11页

页码：102-112