粳稻粒型相关性状全基因组关联分析及候选基因挖掘

摘要：

为了促进优质粒型粳稻品种的培育,以295份国内外收集的粳稻品种组成的自然群体为试验材料,对2018—2019年粒长、粒宽、粒厚、长宽比和千粒质量等5个粒型相关性状进行表型分析,结合重测序获得的788,396个多态性SNP,利用TASSEL 5.0的MLM模型进行全基因组关联分析,针对2 a间共同检测到的且控制多个粒型相关性状的QTL区间内所有基因进行单倍型分析,结合前人研究结果和基因功能注释挖掘水稻优质粒型候选基因.结果表明,5个粒型相关性状均存在着广泛的表型变异,且均呈近似正态分布,粒型相关性状之间大多呈显著或极显著相关,在P≤5.46×10-6阈值条件下,共检测到221个与水稻粒型相关性状显著关联的QTL,在水稻的12条染色体上均有分布,表型贡献率为8.62％ ～20.73％,其中,2018,2019年共同检测到7个QTL.进一步针对2 a间共同检测到且同时控制多个粒型相关性状的2个QTL区间内的所有基因进行单倍型分析,结合基因功能注释推测LOC_Os12g44290为水稻粒型的新候选基因.综上,利用全基因组关联分析对295个粳稻品种的粒型相关性状进行QTL定位及候选基因分析,为优质粒型的粳稻品种培育提供了理论基础.

关键词：粳稻、粒型、全基因组关联分析、候选基因

所属期刊栏目：38

分类号：S511.03;Q78(禾谷类作物)

资助基金：黑龙江省百千万工程生物育种重大科技专项;国家自然科学基金;东北农业大学学术骨干基金资助项目

在线出版日期：2023-11-16（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共10页

页码：19-28