基于SNP芯片的盆周山地猪保种群体保种效果评估

摘要：

为了更好地保护和利用盆周山地猪这一遗传资源,利用猪50K SNP芯片,对盆周山地猪保种群内所含的152头健康种猪进行了SNP检测,利用Plink软件计算群体的多态性标记比例、期望杂合度、观测杂合度,SNeP(V1.1)软件计算有效群体含量;利用Plink软件构建状态同源(IBS)矩阵,Gamatrix(V2)软件构建基因组关系G矩阵;利用Mega X(V10.0)分析盆周山地猪保种群家系结构;利用Plink软件计算每个样本的连续性纯合片段(ROH)个数和长度,并计算基于ROH的近交系数.结果表明,整个盆周山地猪保种群体的多态性标记比例为0.6601,有效群体含量为7.4头;群体期望杂合度为0.2892、观测杂合度为0.2947;群体平均IBS遗传距离为(0.2341±0.0273),公猪的平均IBS距离为(0.2280±0.0335);现有群体大致可分为5个包含公猪的家系和1个不含公猪的家系,家系A和D的公猪数量相对较少;在盆周山地猪保种群中共发现ROH片段3737个,含21～25个ROH的个体数量占比最多(32.24％),ROH长度在100～200 Mb的个体数量占比最多(42.11％),群体平均近交系数为0.085.综上所述,盆周山地猪保种群体遗传多样性较丰富,但部分个体间存在较大的近交风险,群体家系较少,个别家系内公猪个体数量少,存在血统流失风险.

关键词：盆周山地猪、50K SNP芯片、保种群体、遗传结构、保种效果

所属期刊栏目：37

分类号：S858.28(动物医学（兽医学）)

资助基金：重庆市自然科学基金面上项目;重庆市技术创新与应用发展专项产业类重点项目;重庆市绩效激励引导专项项目;“十二五”国家科技计划农村领域项目

在线出版日期：2023-03-07（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共8页

页码：358-365