延边牛UCP1基因CDS区克隆、生物信息学分析及组织mRNA表达

摘要：

旨在克隆延边牛解偶联蛋白-1(UCP1)CDS区序列,利用RT-PCR技术和基因克隆获得延边牛UCP1基因,与其他物种进行同源性比对及构建系统进化树,利用生物信息学方法预测UCP1编码蛋白质的理化性质、潜在的磷酸化位点等性质,利用实时荧光定量PCR(Quantitative Real-time PCR,qPCR)方法检测UCP1基因在延边牛不同组织的表达丰度.结果显示,延边牛UCP1基因的CDS区全长749 bp,编码249个氨基酸.同源性比对发现延边牛UCP1基因与印度牛同源性为99.47％,系统进化树表明,延边牛与印度牛的亲缘关系最近,和南美羊驼亲缘关系最远.UCP1蛋白缺乏稳定性,脂溶系数是91.53,网状红细胞于体外的半衰期是30 h,总平均亲水性等于0.212,预测其具备一定亲水性.二级结构由α-螺旋(54.03％)、延伸链(12.90％)、无规卷曲(27.42％)和β-转角(5.65％)构成的混合型蛋白.磷酸化位点和糖基化位点分析结果表明,UCP1共有21个磷酸位点,4个潜在的O-糖基化位点,3个N-糖基化潜在位点.UCP1基因的编码产物无跨膜螺旋(TMHs)结构,跨膜螺旋氨基酸残基数量的预测值为19.00857,蛋白质前60个氨基酸的跨膜螺旋数预测值为10.98009,位于膜细胞质侧的总概率为22.995％且属于非分泌蛋白.经实时荧光定量PCR(RT-PCR)可知,延边牛脂肪与小肠内UCP1基因表达水平相对较高,而在肌肉、心脏中的表达水平较低.该试验结果可为进一步研究该基因的功能提供借鉴.

关键词：延边牛;UCP1基因;克隆;生物信息学;组织mRNA表达

所属期刊栏目：36

分类号：Q78;S826(基因工程（遗传工程）)

资助基金：国家自然科学基金;教育部工程研究中心;高等学校学科创新引智计划计划

在线出版日期：2022-01-13（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共8页

页码：211-218