大豆抗菌核病的全基因组关联研究

摘要：

找到大豆与抗菌核病强关联的候选位点或候选基因,为抗病基因克隆和抗病分子标记开发提供借鉴,服务大豆抗菌核病育种.对126个加拿大大豆品种的基因组DNA用ApekⅠ酶消化后Illumina Hiseq2000平台测序进行基因分型,供试的126个材料用棉垫接种核盘菌菌丝体进行表型鉴定.采用Structure 2.3.4、SPSS 20.0、TASSEL 5.0和PLINKv 1.07软件分别模拟群体遗传结构、二元主成分分析、邻接法聚类,进行SNP-phenotype和Haplotype-phenotype的关联分析(只考虑加性效应).最小等位基因频率0.01过滤,得到30125个SNPs.主成分及群体结构聚类结果中度一致,将126个供试材料划分为2个组群,Kappa聚类一致度检验K=0.44.邻接法(The neighbor-joining algorithm,NJ)聚为3个组群.α≤0.05时,在单个SNP-phenotype的关联研究中,最强关联在3号染色体物理位置34387780、34387823和34387841处(P值都为8.669E-7),可分别解释表型变异的17.80％,其次在20,1,4,17号染色体上.Haplotype-phenotype的关联分析中,最强关联在17号染色体物理位置5575883/5647814/5648648/5734897处(P值为1.038E-6),可解释表型变异的17.56％.200 kb范围内,3号染色体上的候选基因有Glma.03g129100、Glma.03g129200、Glma.03g129300、Glma.03g129500、Glma.03g129800、Glma.03g129900.17号染色体上为Glma.17g071300、Glma.17g072200、Glma.17g073300.

关键词：大豆、菌核病、GWAS、单个SNP、单倍型

所属期刊栏目：35

分类号：Q78;S432(基因工程（遗传工程）)

资助基金：陕西理工大学访问学者项目;陕西省农业厅项目;陕西省教育厅项目

在线出版日期：2020-03-22（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共9页

页码：205-213