辣椒苗期抗感疫病比较转录组学分析
为了研究辣椒抗疫病分子机制,探究其与抗疫病相关的功能基因,通过对114份辣椒自然群体抗疫病鉴定,选取1份抗疫病辣椒材料和3份感疫病辣椒材料,利用Illumina RNA-seq测序平台进行高通量转录组测序,将所得高质量的序列(Clean reads)与Pepper_Zunla_1_Ref_v1.0参考基因组进行比对.结果显示,有78.95％～85.11％的Clean数据比对到唯一的基因组位点.采用RPKM法计算基因表达量,并在此基础上以FDR≤0.001和|log2 Ratio|≥1为条件筛选出2组样本间差异表达基因.通过排列前10的Gene Ontology(GO)分类可以看出,主要功能有氧化还原酶活性、碳氧裂解酶活性、过氧化物酶活性、代谢过程和逆境响应等过程.其中,有117个差异基因能归入KEGG通路,包括25个上调差异基因,92个下调差异基因.在这些通路中,包括泛素介导的蛋白水解作用、氧化磷酸化、植物激素信号转导、磷脂酶D信号通路、磷脂酰肌醇信号系统等过程.通过研究发现,辣椒抗疫病是一个高度复杂的过程,它由多个交叉通路调节,包括新陈代谢过程、防御反应、激素调节等,这为后期深入研究辣椒抗疫病分子机理奠定基础.
辣椒、辣椒疫病、转录组、差异表达基因、功能
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S641.3
山西省农业科学院博士研究基金YBSJJ1706;山西省农业科学院重点攻关项目YGG1620
2019-07-18（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
共9页
194-202
