金鱼密码子用法特点分析
不同物种间的同义密码子使用偏性存在差异,开展密码子偏好性研究可深入了解基因表达特征,为分子育种提供依据.利用Illumina HiSeq 2000高通量测序技术获得金鱼的转录组数据,筛选符合条件的编码基因序列(Coding DNAsequence,简称CDS),并通过CodonW软件和CUSP程序对金鱼蛋白质编码基因序列进行了分析,获得编码氨基酸的密码子使用频率,并与人、酵母、大肠杆菌、果蝇、斑马鱼等不同种类的模式生物进行比较.结果表明,金鱼8143个基因在64个密码子中有28种偏爱密码子,有效密码子数为54.9,3个位置的平均GC含量为0.509,第3位密码子GC百分含量为0.564,金鱼偏向使用G或C结尾的密码子.金鱼密码子偏好性与模式生物有不同程度的差异,与酵母密码子使用频率差异最大,与斑马鱼的密码子偏好性一致.
金鱼、密码子、密码子偏好性、GC含量
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Q78;Q959.4(基因工程（遗传工程）)
北京市自然科学基金项目8152017;公益性行业农业科研专项201503108;北京市农林科学院所级科技创新团队建设JNKST201616;农业部都市农业北方重点实验室99124120
2018-03-14（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
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