ssc-miR-486靶基因预测及生物信息学分析

摘要：

通过对 ssc-miR-486进行靶基因预测及生物信息学分析，以探索其影响猪脂肪沉积的作用机制。首先利用实时荧光定量 PCR 技术对脂肪沉积能力相差较大的莱芜猪和大白猪皮下脂肪组织中 ssc-miR-486表达情况进行比较研究，然后利用 miRBase、Ensembl、NCBI 等数据库及 miRanda、PITA、RNAhybrid、Cytoscape、JASPAR、Promoter Scan 等软件对 ssc-miR-486进行生物信息学分析，包括保守性分析、转录因子结合位点预测、靶基因预测、GO 富集分析和 KEGG信号通路富集分析。结果表明，ssc-miR-486在脂肪沉积能力较强的莱芜猪皮下脂肪组织中发生显著上调。生物信息学分析结果发现，miR-486在各物种间非常保守，ssc-miR-486启动子区域有 SREBP1、SREBP2等多个转录因子结合位点，获得的229个靶基因显著富集于脂质代谢、脂质生物合成、细胞代谢等生物学过程及类固醇生物合成、磷脂肌醇代谢、PPAR 等信号转导通路中。结果表明，ssc-miR-486参与了猪脂肪沉积或脂肪代谢的调控，为今后研究脂肪沉积提供基础理论支撑。

关键词：ssc-miR-486、生物信息学、脂肪沉积、猪

所属期刊栏目：31

分类号：Q78(基因工程（遗传工程）)

资助基金：转基因生物新品种培育科技重大专项2009ZX08008-004B；2008ZX08008-003；国家“863”计划项目2008AA10Z140；国家自然科学基金项目30571339；中国农业科学院农业科技创新项目ASTIP-IAS05；国家重点基础研究发展计划“973”计划项目2015 CB943100；中国农业科学院创新基金项目2004-院-1；中央级公益性科研院所基本科研业务费专项资金项目2013ywf-yb-5；2013ywf-zd-2

在线出版日期：2016-11-21（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共9页

页码：62-70