芍药查尔酮异构酶基因（CHI）克隆、密码子偏好性分析以及蛋白结构功能预测

摘要：

为了丰富芍药 CHI 基因研究的基础数据，首先利用 RACE 技术对芍药 CHI 基因的 CDS 区进行克隆，并通过EMBOSS 软件分析序列的密码子偏好性，其次利用生物信息学软件和在线数据库对芍药 CHI 进行蛋白结构与功能预测。结果表明，克隆获得芍药 CHI 基因 cDNA 序列长度为898 bp（GenBank 序列号：JN119872），芍药 CHI 基因偏好使用以 A ／U 结尾的密码子，28种偏好密码子（RSCU ＞1），其中偏好性较强的有 UUG、UGU、CAU、AGA、AGG、CGG（RSCU≥2），在密码子的使用频率上，芍药 CHI 基因与酵母、大肠杆菌等模式生物基因组的差异均大于拟南芥基因组。芍药 CHI为非跨膜亲水的稳定蛋白，无信号肽，属于非分泌蛋白；主要分布在细胞质（45．0％）和微体（42．5％）中；无糖基化位点，14个磷酸化位点，其中第20位氨基酸处存在一个典型的磷酸激酶 PKC，含有1个异构酶 Chalcone 保守结构域；二级结构包括α螺旋（39％）、延伸链（20％）、β-转角结构（13％）和无规则卷曲（27％）；三级结构呈β-三明治折叠形成的倒置花束。发现了一个异构酶催化活性区域和一个重要的特异性蛋白质激酶 PKC 位点，为今后深入研究 CHI 基因功能提供有利的基础资料，此外，拟南芥真核表达更适合作为芍药 CHI 基因的外源表达系统。

关键词：芍药、CHI 基因、密码子偏好性、蛋白结构与功能

所属期刊栏目：31

分类号：Q78;S682.03(基因工程（遗传工程）)

资助基金：国家自然科学基金项目31372097；江苏省农业科技自主创新资金项目CX122019

在线出版日期：2016-06-13（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共10页

页码：71-80