GPV YZ株非结构蛋白1基因的克隆及序列分析
对鹅细小病毒YZ株非结构蛋白1的基因进行克隆、测序、比对及蛋白质结构和功能等生物信息学分析,探究了非结构蛋白1的基因分子特征和理化特性及病理学相关致病机理。通过PCR、质粒克隆及核苷酸序列测定方法获得病毒YZ株非结构蛋白1基因序列,采用DNAsis、Mega 5.10、Blast等多种生物学软件完成核苷酸序列及氨基酸序列和系统进化分析。结果显示,鹅细小病毒YZ株非结构蛋白1的基因全长1881个核苷酸,编码627个氨基酸。与GPV-GB标准株、MDPV、ChPV、AAV的NS1基因序列存在很高的同源相似性,与MDPV的亲缘关系最近,提示番鸭和鹅细小病毒来自共同的祖先,其宿主的不同而演化为不同的分支。对应GPVNS1-YZ的同源区段序列(293~524)含231个氨基酸,分子量为26.446 kDa、PI=6.04,带负电的氨基酸30个,带正电的氨基酸28个,体外表达半衰期为5.5 h时,不稳定系数为40.23,脂肪系数为78.01,平均疏水值为-0.43,表明这一蛋白质为亲水性蛋白；该蛋白还存在9个抗原肽的位置：55~69,185~195,94~129,156~167,19~30,76~83,6~12,205~210,40~45,出现16个可能的B细胞抗原表位,表明它具有较高的免疫原性；但不存在跨膜片段,也不含信号肽和二硫键,可能不会分泌到宿主细胞的细胞膜外发生作用；其二级结构包含α-螺旋占30.74%,β-折叠占17.32%,无规则卷曲占51.95%,三级结构近似球状,包含一个SF3解旋酶超家族的DNA病毒解旋酶功能域( AA17-AA173),提示鹅细小病毒的非结构蛋白1可能在感染发生后参与病毒DNA自我复制中的DNA解旋过程。
鹅细小病毒、非结构蛋白基因、非结构蛋白1、序列分析
R512.03;Q78(传染病)
山东省自然基金项目ZR2011CM008;青岛市科技基金资助项目12-1-4-5-2-jch
2014-06-07（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
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