西瓜防御素(ClPDF)基因挖掘及序列分析

摘要：

为明确西瓜防御素基因(ClPDF)的结构和功能,采用生物信息学方法对西瓜防御素基因进行了详细的全基因组挖掘和序列分析.结果表明,从西瓜基因组中共获得7个防御素基因,ClPDFs基因编码的氨基酸序列都含有高度保守的8个半胱氨酸、1个甘氨酸、1个丝氨酸和1个芳香族氨基酸残基.分析发现,ClPDFs基因在理化性质上有一定的差异.系统进化分析说明,ClPDFs与拟南芥PDF2基因家族聚为一类.二级结构预测结果说明,所有ClPDFs序列均以不规则卷曲为主要组成元件,在延伸链和α-螺旋组成上存在差异.信号肽和跨膜结构预测结果相似,仅有1条序列无信号肽,1条序列有跨膜区,而其他序列都含有信号肽、无跨膜区.证明了西瓜防御素基因为多基因家族,都含有高度保守的结构域,但在结构上西瓜防御素基因差异较大,为进一步探讨西瓜防御素ClPDFs的生物功能奠定了基础.

关键词：西瓜、防御素、基因进化、生物信息学

所属期刊栏目：28

分类号：S651.03;Q78(瓜果园艺)

资助基金：国家西甜瓜产业技术体系CARS-8;江苏省农业科技自主创新基金项目cx111001;江苏省农业科学院博士后基金006046511105

在线出版日期：2013-06-21（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共6页

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