甘薯近缘野生种三浅裂野牵牛EST资源的SSR信息分析

摘要：

利用生物信息学方法对NCBI公共数据库的1 458条三浅裂野牵牛ESTs序列进行EST-SSRs信息特征分析.结果显示,剔除低质量的和冗余的序列后,得到总长度为334.368 kb无冗余序列868条.这些无冗余序列中有35个微卫星简单重复序列(Simple sequence repeat,SSR),分布于35条EST中,出现频率为4.03％,平均分布距离为9.55 kb.在2～6核苷酸的重复类型中,二、三核苷酸SSR之和占总EST-SSR的68.57％,其中三核苷酸SSR占总SSR数量的45.71％.在所有重复单元中,所占比例最高的是AT/AT(14.29％),其次是TCT/AGA为11.43％,TAA/TTA为8.57％列第3位.在所有的SSR中,EST-SSRs重复次数5次的有13个,占全部SSR的37.14％,其次是重复次数为4次和7次,各有5个,占全部SSR的14.29％.结果说明,甘薯近缘野生种三浅裂野牵牛的EST-SSR出现频率较高、类型丰富、具有一定的研究利用价值.

关键词：三浅裂野牵牛、生物信息学、EST、SSR

所属期刊栏目：27

分类号：S531.03(薯类作物)

资助基金：现代农业产业技术体系建设专项CARS-11-C-03;国家"863"计划2012AA101204-1-7;江苏省科技支撑计划BE2011301-1;江苏省农业科技自主创新基金CX111020

在线出版日期：2013-03-08（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共6页

页码：27-32