柱型苹果MADS-box家族的2个同源基因克隆与生物信息学分析

摘要：

基于笔者前期进行的柱型苹果转录组测序(RNA-seq)结果,采用RT-PCR方法,从柱型苹果花芽中克隆了MADS-box基因家族的2个同源基因,分别命名为MdSOCla和MdSOClb.分析结果表明,MdSOCla开放阅读框长度为708 bp,编码235个氨基酸,蛋白质分子量为26.95 kDa,等电点为9.13；MdSOClb开放阅读框长度为717 bp,编码238个氨基酸,蛋白质分子量为27.49 kDa,等电点为9.61.MdSOCla和MdSOClb的编码区碱基序列相似性为83.49％,氨基酸的相似性为73.72％.MdSOCla和MdSOClb的第1- 75个氨基酸为高度保守的MADS盒结构域,第105～170个为K盒结构域.在构建的SOC1系统进化树中,MdSOCla与MdSOClb与苹果SOC1关系最近,其次为橙SOC1,与拟南芥SOC1同源基因进化关系最远.苹果、橙、大岩桐关系较近而聚为一类,而大豆、豇豆、葡萄、拟南芥、草莓和玉兰聚为一类.蛋白质二级结构预测显示,MdSOCla蛋白有8个α-螺旋,5个β折叠区,13个β-转角；而MdSOClb蛋白有11个α-螺旋,7个β折叠区,11个β-转角.推测二者在花的发育中可能起不同的调控作用.

关键词：柱型苹果、MADS-box、SOC1基因、基因克隆

所属期刊栏目：27

分类号：S661.1(果树园艺)

资助基金：国家现代苹果产业技术体系CARS-28-01-07;山东省优秀中青年科学家科研奖励基金BS2009NY023;山东省良种产业化工程620902;青岛市科技发展计划11-2-4-5-6-jch;青岛农业大学高层次人才启动基金630732

在线出版日期：2012-07-27（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共5页

页码：50-54