水稻OsPPDK基因的克隆及生物信息学分析

摘要：

利用比较基因组学方法,通过小麦TaNAM基因序列来设计引物,在早衰水稻品系金23B中寻找TaNAM的同源基因.对获得的cDNA片段进行序列比对分析,发现其与丙酮酸磷酸双激酶(Pyruvate phosphate dikinase,PPDK)基因高度同源,因此将其命名为OsPPDK(Oryza sativa PPDK).为进一步探索OsPPDK基因的功能及其与叶片衰老的关系,根据水稻预测OsPPDK基因序列设计特异性引物,利用RT-PCR技术克隆出OsPPDK基因的编码区,并进行生物信息学分析.结果表明:该基因全长为3 515 bp,包含一个完整的ORF,编码区长2 844 bp,编码947个氨基酸,分子量为102.79 k D,所编码的氨基酸序列与其他已知的植物来源的PPDK基因相比,相似性大多在80％以上.在PPDK基因所编码的氨基酸序列中,发现了一个PEP利用酶位点信号,3个N-糖基化位点和15个酪蛋白激酶II磷酸化位点,12个蛋白激酶C磷酸化位点,2个酪氨酸激酶磷酸化位点和一个PEP利用酶位点.同时推测出多肽链中有规则重复的构象,并同源建模PPDK蛋白整条肽链的三维空间结构.

关键词：水稻、OsPPDK基因、基因克隆、生物信息学分析

所属期刊栏目：41

分类号：Q752;S511(分子遗传学)

资助基金：优质、高产、广适、多抗灿稻新品种培育项目2016ABA090

在线出版日期：2019-05-17（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共7页

页码：32-38