10.13210/j.cnki.jhmu.20190109.002
鼠源TTV病毒海口株的基因组分析及real-time PCR检测方法的建立
目的:对海南省海口市褐家鼠体内发现的鼠源torque teno virus(RoT TV)地方流行株RoT-TV3-HM U1进行全基因组扩增测序及遗传进化分析,并建立一种基于SYBR GreenⅠ 荧光染料检测RoT TV3病毒的real-time PCR检测方法 .方法:基于高通量宏病毒组测序分析结果设计特异性扩增引物,采用PCR方法进行全基因组序列拼接.并根据RoT TV3保守序列通过生物信息学分析设计特异性引物,以构建的含ddrp基因的重组质粒为标准品,优化实验条件,建立RoT TV的real-time PCR检测方法.结果:成功拼接获得一株海南省海口市褐家鼠携带的RoT TV的基因组序列,遗传进化分析表明该病毒属于RoT TV3基因型.本实验建立RoT TV3 real-time PCR检测方法,标准曲线在1×102～1×108拷贝/μL浓度时呈现良好线性关系,其扩增系数为1.000,溶解曲线只出现1特异性峰,检测灵敏度达到102个拷贝.结论:本实验首次获得海口地区RoT TV基因组序列,并对其进行遗传进化分析,对RoT TV的起源及进化研究具有重要的意义.本实验建立的RoT TV3 real-time PCR检测方法灵敏度高 、特异性好,为RoT TV3的流行病学调查奠定技术基础.
鼠源Torque teno virus、基因组扩增测序、real-time PCR检测
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R511;R440(传染病)
国家自然科学基金课题81860367 ,31460017 ,81672072;海南省重点研发计划项目ZDYF2017091;海南省高等学校科学研究专项项目Hnky2017ZD-16 ,Hnkyzx2014-08;病毒学国家重点实验室 2018 年度开放基金项目2018IOV002
2019-04-08（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
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