紧密连接蛋白Claudin-15基因5′调控区序列的生物信息学分析
目的:研究紧密连接蛋白Claudin-15基因转录调控机制,并对潜在的转录因子结合位点进行分析.方法:利用BLAST比对获得Claudin-15基因5′调控区序列;利用模序识别分析TATA-box、GC-box和CAAT-box;利用在线分析软件Neural Network Promoter Prediction和PROMOTER 2.0分析Claudin-15基因5′调控区序列中启动子;利用在线分析软件EMBOSS和CpG Island Searcher分析Claudin-15基因5′调控区序列中CpG岛位置;利用在线分析软件TFSEARCH分析Claudin-15基因5′调控区序列中潜在的转录因子结合位点.结果:Claudin-15基因5′调控区序列中存在1个CAAT-box和1个GC-box,没有TATA-box; Caudin-15基因可能存在4个启动子位点;CpG岛为70 bp区间(51～120 bp)、77 bp区间(312～388 bp)、72 bp区间(2 029～2 100 bp)、204 bp区间(1 745～1 948 bp);结果显示评分在85分以上(Score Threshold:85.0)时,该区域具有470个潜在的转录因子结合位点;评分在90分以上(Score Threshold:90.0)时,该区域具有162个潜在的转录因子结合位点;评分在95分以上(Score Threshold:95.0)时,该区域具有59个潜在的转录因子结合位点;评分在100分(ScoreThreshold:99.0)时,该区域具有14个潜在的转录因子结合位点.结论:通过生物信息学的方法对于Claudin-15基因转录起始位点、启动子区域和潜在的转录因子结合位点进行预测,对于科研具有十分重要的指导意义.
紧密连接蛋白、Claudin-15、5′调控区、生物信息学
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R34(人体生物化学、分子生物学)
海南省自然科学基金项目310052;海南医学院重点学科建设项目基金;海南医学院博士后科研启动基金
2015-12-16（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
共4页
1685-1688
