基于5993个核基因的被子植物系统发育关系研究

摘要：

系统发育关系的构建对被子植物分类及进化研究非常重要.长期以来,被子植物系统发育的研究,大多使用质体基因、线粒体基因或少数保守的单拷贝核基因.该研究从已注释基因组或转录组中搜集88种被子植物(包含58目)的核基因集;通过对其进行同源基因聚类及去旁系同源基因,获得了5993个一对一的直系同源基因家族(即对于每个基因家族,每种植物最多一条序列,最少包含50个物种);使用截取各种不同数目基因集的DNA或氨基酸序列,采用串联法(concatenation)和溯祖法(coalescence),共构建了20棵进化树.比较这些进化树,虽然大部分结果支持APG IV中描述的被子植物主要支系之间的关系[(真双子叶植物,单子叶植物),木兰类植物],但真双子叶植物内部各目分支的演化关系与APG IV有一个很大的不同,即认为檀香目和石竹目是蔷薇类植物的姊妹群.基于这些进化树,估算了被子植物各目分支的分化时间,结果表明被子植物的起源时间为237.78百万年前(95％置信区间为202.6～278.08),与主流观点认为的225百万年至240百万年前一致.以上结果为构建进化树提供了一种可行性策略,这种方法允许使用基因数目更多而计算速度更快.

关键词：系统发育关系、被子植物、核基因、同源基因聚类、串联法、溯祖法、分化时间

所属期刊栏目：40

分类号：Q949.4(植物学)

资助基金：国家科技支撑计划;广东省农作物核心资源开发应用企业重点实验室;深圳市科技计划项目;深圳作物分子设计聚合育种工程实验室提升项目

在线出版日期：2020-03-25（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共16页

页码：44-59