独行菜LaAP2基因克隆、生物信息学分析及表达分析

摘要：

AP2/ERF是广泛存在于植物中一类重要的转录因子,调控一些参与非生物胁迫相关基因的表达,帮助植物提高逆境胁迫能力.为了深入探讨LaAP2在独行菜耐受低温萌发及幼苗耐受低温生长中的功能,该研究基于前期对独行菜(Lepidium apetalum)转录组数据库分析,克隆获得一个显著上调表达的AP2/ERF家族序列LaAP2.该基因cDNA全长为1 005 bp,编码氨基酸序列包含一个AP2和一个B3结构域,属于AP2/ERF转录因子RAV亚家族.推定的LaAP2蛋白分子量为37.744 67 kD ,等电点为9.49.该蛋白氨基酸序列同亚麻荠、拟南芥、油菜等物种显示出较高同源性,系统进化分析结果表明与拟南芥亲缘关系较近.氨基酸序列分析预测表明,LaAP2基因所编码的蛋白不具备信号肽区段,无跨膜区,不属于分泌蛋白,可能为亲水性蛋白;定位于细胞质的可能性为56.5%,定位于细胞核的可能性为21.7%;其主要二级结构元件为无规则卷曲、延伸链、α-螺旋.Real-time PCR分析独行菜幼苗中 LaAP2 在低温4 ℃处理下的表达,显示LaAP2表达受低温胁迫呈先下降后升高趋势.这表明LaAP2在独行菜幼苗抵抗低温胁迫中起调控作用.

关键词：独行菜、AP2/ERF转录因子、LaAP2基因克隆、序列分析、表达分析、低温耐受、分子生物学

所属期刊栏目：38

分类号：Q943.2(植物学)

资助基金：国家自然科学基金31460041,31660079;新疆维吾尔自治区高校科研计划科学研究重点项目XJEDU2014I027;新疆维吾尔自治区教育厅重点实验室项目;新疆师范大学"十三五"校级重点学科生物学学科项目 Supported by the National Natural Science Foundation of China31460041,31660079;Key Scientific Research Plan of Universities in Xinjiang Uygur Autonomous RegionXJEDU2014I027;Key Laboratory of Special Environment Biodiversity Appli-cation and Regulation in Xinjiang;the "13th Five-Year" Plan for Key Discipline Biology,Xinjiang Normal University

在线出版日期：2018-08-15（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共9页

页码：762-770