HIV-1感染长期不进展者外周血单个核细胞中的环状RNA表达谱

摘要：

目的:了解HIV-1感染的长期不进展者(LTNP)和典型进展者(TP)外周血单个核细胞(PBMC)中的环状RNA(cir-cRNA)表达谱,探究circRNA对HIV-1感染发病机制的潜在作用.方法:分别采集3例LTNP和TP的血液样本,分离PBMCs进行circRNA测序,通过edgeR鉴定差异表达的circRNA,并对这些差异表达的circRNA亲本基因进行GO和KEGG功能分析.使用生物信息学工具构建circRNA-miRNA-mRNA相互作用网络,并利用外部数据对下游调控的基因进行验证.结果:两组共鉴定出155个差异表达的circRNA,LTNP中大多数circRNA表达下调.GO和KEGG富集分析显示,20种途径可能与HIV-1感染长期非进展有关,包括自然杀伤细胞介导的细胞毒性途径.circRNA-miRNA-mRNA相互作用网络包括14个circRNA,17个miRNA和129个mRNA,另一个数据集验证了下游15个mRNA的差异表达,可能被circRNA调控的基因主要包括FOXP4、GP6、C9orf116 等.在 circRNA-miRNA-mRNA 互作网络中,circRNA_chr1:39804878|39808198 和 circRNA_chr18:44701174|44703102可能通过充当miRNA海绵调节其靶基因NUML和Cav-1的表达影响HIV疾病进展.结论:与TP相比,LTNP的PBMC中大多数circRNA表达下调,circRNA亲本基因主要富集在与HIV感染相关的炎症和免疫途径上;circRNA还可以通过充当miRNA的海绵参与HIV疾病进展的调节,这为研究HIV疾病进展的机制提供了新的方向.

关键词：HIV-1、环状RNA、长期不进展者、表达谱

所属期刊栏目：39

分类号：R392

资助基金：国家自然科学基金;国家自然科学基金;广西杰出青年科学基金项目

在线出版日期：2023-02-23（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共8页

页码：1883-1890